根据《国家税务总局关于支持个体工商户复工复业等税收征收管理事项的公告》（2020年第5号）第三条第二款规定：

《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）附列资料》第8栏“不含税销售额”计算公式调整为：第8栏=第7栏÷（1+征收率）。　

你公司在办理三季度增值税纳税申报时，《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）附列资料》第1栏至第7栏依次填报5万元、0万元、5万元、0万元、45.4万元、5万元、40.4万元。

在计算填写第8栏时，计算公式中的征收率为1%，第8栏应填写40万元[40.4÷（1+1%）=40]。

在填报《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）》时：

第1栏“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”填写为40万元；

第16栏“本期应纳税额减征额”，对应减征的增值税应纳税额0.8万元（40×2%=0.8）。

同时，该公司应当将本期减征的增值税应纳税额填入《增值税减免税明细表》减税项目相应栏次；

填报时应准确选择减税项目代码，准确填写减税项目本期发生额等相关栏次。