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根据《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条、《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）第二条、《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条规定，纳税人从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人手里购进农产品，取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
举例：如果是从小规模纳税人购买农产品，对方销售农产品给您代开了征收率为3%的专票，含税价1030元，不含税金额为1030÷（1+3%）=1000元，税额为1000×3%=30元。
您取得这张专票以后，不是按照票面注明的税额30元抵扣，而是按照票面金额1000元乘以9%计算抵扣，即进项税额为90元。
那么，从小规模纳税人收到的3%的专票怎么按9%计算抵扣呢？
一、3%的专票做不抵扣勾选处理，操作如下：
如果要按3%计算抵扣，就直接认证抵扣，按抵扣税额进行入账就可以了。
特殊：全电发票试点开具地区纳税人，使用税务数字账户的，需要对3%专票做勾选抵扣。
二、增值税申报表填写按9%计算的进项税额，操作如下：
在好会计软件中，有税务申报功能，进入【税务管理】-【税表清册】-【增值税】报表中把上例计算的90元进项税额填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”栏，再进行税务申报即可。
作者：客户成功刘聪
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